A batalha final contra o Dark Territory se arrasta, enquanto jogadores de todo o mundo inundam os servidores do Underworld e mergulham o Império Humano no caos total. Asuna Yuuki e seus amigos defendem seus novos aliados com tudo o que têm, mas seus números estão caindo. Enquanto isso, Alice Zuberg segue em direção ao Altar do Fim do Mundo enquanto Gabriel "Vecta" Miller a persegue implacavelmente.

Enquanto isso, os membros de Rath elaboram um plano na tentativa de restaurar a luz de flutuação danificada de Kirito. No entanto, os intrusos que ocupam a sala de controle principal têm outros planos. Cercado pela morte e desespero, quando toda a esperança parece estar perdida, uma voz alcança Kirito - uma voz familiar dizendo: "Eu sempre estarei ao seu lado".

Sword Art Online: Alicization - War of Underworld 2ª Temporadaé a conclusão épica do sonho de Akihiko Kayaba de criar inteligência humana artificial. Agora cabe a Kirito e seus amigos proteger este mundo em colapso das pessoas que ainda pensam que é apenas um jogo.