O futuro distante, 5012.

A súbita invasão aérea da Terra por < Aliens ＞ e suas criações ＜Machine Lifeforms＞levou a humanidade à beira da extinção. O número sobrevivente de humanos que se refugiaram na lua para organizar um contra-ataque usando soldados ＜andróides＞ para recapturar a Terra.

No entanto, a guerra chega a um impasse quando as ＜Machine Lifeforms＞ continuam a se multiplicar infinitamente. Por sua vez, a humanidade implanta uma nova unidade de soldados andróides como uma arma definitiva: ＜YoRHa＞

Recém-enviado para a Terra ＜2B＞ junta-se a ＜9S＞, o analista atualmente estacionado lá, onde em meio a sua missão, eles encontram uma miríade de fenômenos misteriosos. ...

Esta é a história desses ＜andróides＞ sem vida e sua luta sem fim pelo bem da humanidade.

(Fonte: NieR:Automata Ver1.1a Site oficial dos EUA)