Elfen Lied é baseado na série Seinen Manga de Lynn Okamoto de mesmo nome e estreou enquanto o mangá ainda estava em publicação. O anime segue o material de origem nos 7 primeiros volumes, com várias alterações na história, e conclui com um final exclusivo. Em uma entrevista, o diretor Mamoru Kanbe expressou sua decepção em ter que ter que condensar ' Para histórias em 13 episódios e sentiu que mais eram necessários para incluir detalhes significativos da trama que tornariam a série mais emotiva. O design artístico das sequências de abertura e final é fortemente inspirado pelas obras do pintor simbolista austríaco Gustav Klimt. Cores e padrões semelhantes ao estilo distinto de Klimt foram usados ​​e os personagens da série foram desenhados para recriar várias pinturas do período de ouro do artista, incluindo o beijo (amantes). O tema de abertura Lilium, que é cantado em latim eclesiástico, usa as letras retiradas da Bíblia, a Renaissance Hymn Ave Mundi Spes Maria, bem como o teatro de compêndio alquímico Chemicum.