2199 Ad. Yamato Tentou Deixar Para Trás A Grande Galáxia De Nuvem De Magellanic, Depois De Receber Um "Sistema Reverso De Cosmo" Em Seu Destino, Iscandar. No Entanto, De Repente, Encontra Um Grupo Misterioso À Beira Da Grande Nuvem De Magelanic. A Tripulação Descobre Que O Grupo É Chamado De "Gatlantis" E Que Seu Líder É O Comandante Da Força Expedição Gutaba, Que Se Chama De "Goran Dagaamu, Do Thunder". O Comandante Exige Que Yamato Seja Entregue A Ele. Yamato, Querendo Se Apressar Para A Terra, Escapa Da Briga. No Entanto, O Yamato É Atacado Por Uma Arma Devastadora Chamada "Canhão De Ataque Direto De Chama" Que Pode Transcender O Espaço. Yamato Foi Capaz De Recuar, Mas Acaba Se Perdendo E Se Encontra Em Uma Dimensão Irregular Estranhamente Colorida. A Tripulação Decide Desligar O Motor No Navio E Explorar Um Planeta Misterioso. Para Coletar Informações, Kodai, Kiryū, Sawamura, Niimi E Aihara Land No Planeta. O Que Eles Viram Quando Chegaram Era Um Navio Que Não Deveria Estar Lá. Dagaamu Persegue Os Traços Da Urdidura De Yamato E Também Atinge O Espaço Estranhamente Colorido. O Planeta Sobre O Qual Yamato Pousou Era De Fato O Que Dagaamu Estava Procurando O Tempo Todo.