No Ano 2199, A Raça Gamilon Declara Guerra Aos Seres Humanos, Com A Intenção De Levar A Terra Para Si. Os Combatentes Na Terra Fazem Tudo Em Seu Poder Para Manter O Planeta Estável, Mas A Tecnologia Alienígena Se Mostra Muito Avançada, E A Destruição Resultante Torna A Superfície Do Planeta Terra Completamente Inabitável. Os Abrigos Subterrâneos Também Estão Se Tornando Fracos E, Se Nada Mudar, Os Humanos Se Extinguirão Em Menos De Um Ano. Mas Quando Tudo Parece Perdido, A Rainha Starsha Do Planeta Iscandar Oferece Uma Mão Amiga. A Chave Para A Vitória Está No Cosmo-Cleaner D, Que Pode Eliminar A Radiação Da Qual A Terra Está Sofrendo. No Entanto, A Única Maneira De Se Apossar Desse Dispositivo Que Salva Vidas É Se Alguém Da Terra For Para Iscandar-148.000 Anos-Luz De Distância-Para Recuperá-Lo. O Problema É Que Eles Têm Menos De Um Ano Antes Do Tempo Acabar. O Destino De Toda A Raça Humana Está Nas Mãos Da Tripulação De Uma Embarcação Salgada Da Segunda Guerra Mundial, O Navio De Guerra Espacial Yamato.