Na História Do Filme, Pouco Antes Da Conclusão Do Elevador Espacial Da Academia Endymion, Os Personagens Principais Kamijou E O Índice Encontram Uma Garota De Nível 0 Chamada Arisa. Os Mágicos Estão Atrás De Alisa E Atacam A Cidade Da Academia. Uma Líder Chamada Shutaura Lidera Uma Unidade Da Academy City Contra O Ataque. Kamijou E Index Aprendem Com Stiyl Que Arisa É Fundamental Para Uma Guerra De Fabricação Entre Os Lados Da Magia E Da Ciência.