O Filme Acontece Um Ano Após Os Eventos Da Série De Anime. Depois De Passar Por Uma Jornada Meticulosa Por Várias Linhas Mundiais Devido À Invenção Do D-Mail, Mensagens De Texto Que Podem Ser Enviadas Para O Passado, Okabe Rintarou Assumiu Que Pousou Na Linha Do Mundo Steins Gate, Na Qual Nenhum De Seus Amigos Teria Que Ter Que Die E Um Futuro Governado Por Sern Devido À Invenção De Uma Máquina Do Tempo Não Existe Mais. No Entanto, Rintarou Logo Começa A Sentir Os Efeitos Colaterais De Seu Tempo Constante Viajando Por Várias Linhas Mundiais, Que Logo Se Acumula E Faz Com Que Rintarou Desapareça De Repente Da Existência, Com Apenas Makise Kurisu, A Garota Que Ele Havia Salvado Graças A Seus Esforços, Lembrando -Se Dele Através De Déjà Vu. Agora Cabe A Kurisu Encontrar Uma Maneira De Recuperar O Rintarou.