A Busca Pelo Conhecimento Pela Humanidade Os Leva Ao Solo Do Planeta, Onde Encontram Restos Misteriosos De Uma Longa Civilização Alienígena Morta, Incluindo O Ideon Super-Robot De Três Partes E Um Poderoso Navio De Guerra. Usando Isso, Os Terráqueos Enviados Para Investigar As Ruínas Se Defendem Em Suas Constantes Batalhas Contra Alienígenas Poderosas Chamadas Clãs De Buff, Que Estão Em Busca De Identificação, A Energia Misteriosa Que Alimenta O Ideon.