Depois Que A Terra Foi Destruída Por Misteriosas Formas De Vida Alienígenas Conhecidas Como Gauna, Os Remanescentes Sobreviventes Da Raça Humana Escaparam Para O Espaço No Enorme Navio De Geração Sidonia. Tendo Percorrido O Espaço Para Milênios, A Sidonia Se Viu Mais Uma Vez Sob Ataque De Gauna Pela Primeira Vez Em Um Século. Mais Uma Vez, Enfrentando A Ameaça De Extinção, Uma Vitória Temporária Contra O Gauna Foi Esgotada Graças Ao Híbrido Human-Gauna Tsumugi Shiraui E Ao Piloto Mecânico Do Mech Nagate Tanikaze. 10 Anos Depois ... O Povo De Sidonia Desfruta De Uma Breve Pausa. Os Dias Pacíficos Passam, Durante O Qual Tsumugi Começa A Perceber Seus Sentimentos Por Nagate, Que Agora É Celebrado Como Um Herói De Sidonia. No Entanto, Como O Capitão Kobayashi Sempre Soube, Desde Que Os Gauna Permaneçam, A Paz Não Pode Durar. A Decisão É Tomada: Uma Batalha Final, Sobre A Qual Repousa O Destino Dos Últimos Sobreviventes Da Humanidade. À Medida Que O Fim Se Aproxima, A Tripulação Será Capaz De Proteger Aqueles Que Amam?