Apesar Da Destruição Da Mecanização World Home Andrômeda, O Império Da Máquina Ainda É Varrido Pela Galáxia E A Terra Se Tornou Um Campo De Batalha. Tendo Voltado De Sua Jornada A Bordo Do Trem Galaxy Express 999, Tetsurou Hoshino Se Junta À Resistência E Luta Ao Lado De Outros Que Mantiveram Sua Humanidade. Quando O 999 Retorna À Terra, Tetsurou Recebe Uma Mensagem Enigmática Registrada De Seu Ex -Companheiro De Viagem Maetel, Dizendo -Lhe Para Embarcar No Trem Mais Uma Vez. Lutando Para A Estação De Megalopolis, Ele Entra No Trem Da Mesma Maneira Que Parte. Desta Vez, No Entanto, Tetsurou É Recebido Com Vários Mistérios: Maetel Não Está Em Lugar Algum, Um Sinistro "Trem Fantasma" Apareceu E O Destino Final Do 999 É Desconhecido. Em Meio A Tudo Isso, Tetsurou Se Vê Confrontado Pelo Misterioso Cavaleiro Negro Faust E Logo Descobre O Segredo Mais Sombrio Do Império Do Império.