No Ano 2201, Um Ano Após O Yamato Salvar A Terra Da Contaminação Radioativa, Surge Uma Nova Ameaça. O Yamato Faz Sua Jornada Final Para Salvar A Terra Dessa Nova Ameaça. A Terra Quase Se Recuperou Da Batalha Contra Gamilus, E A Reconstrução Se Expandiu Para Os Outros Planetas. Quando Os Ex-Companheiros De Tripulação De Yamato Descobrem Uma Mensagem Estranha E Distorcida Que Parece Estar Vindo De Um Cometa Branco Em Direção À Terra, Eles Sequestram Sua Antiga Fortaleza Espacial E Começam Uma Nova Batalha.