Satoshi E Seus Amigos Viajam Para Larousse, Onde Encontram Um Garoto Chamado Tooi Que Tem Medo De Pokemon Devido A Um Incidente Que Aconteceu Quatro Anos Antes. Enquanto Isso, Deoxys, Um Pokemon Do Space, Reapareceu, Colocando Uma Barreira Pela Cidade E Sequestrando Pessoas. Rayquaza, Um Pokemon Que Vive Na Atmosfera, Vem Lutar Contra Isso.