Batman Ninja Faz Uma Viagem Pelas Idades, Enquanto A Máquina De Deslocamento De Tempo De Gorilla Grodd Transporta Muitos Dos Piores Inimigos De Batman Para O Japão Feudal - Junto Com O Cavaleiro Das Trevas E Alguns De Seus Aliados. Os Vilões Assumem As Formas Dos Senhores Feudais Que Governam A Terra Dividida, Com O Coringa Assumindo A Liderança Entre As Facções Em Guerra. Como Seu Armas Tradicionais De Alta Tecnologia Se Esgota Quase Imediatamente, Batman Deve Confiar Em Seu Intelecto E Seus Aliados-Incluindo A Mulher-Gato E A Família De Morcegos Prolongada-Para Restaurar A Ordem À Terra E Voltar À Atual Cidade De Gotham.