Após Os Eventos Do Caso Lost Logia, Nanoha Espera Pacientemente Pelo Dia Em Que Ela Pode Se Reunir Com Seu Novo Amigo, O Destino. Embora Seja Um Mago Excepcionalmente Poderoso, Nanoha Passa Seus Dias Normalmente Com Seus Amigos Na Terra. Mas A Paz É Mais Uma Vez Quebrada De Repente, Pois Nanoha Está Sem Aviso Atacado Por Um Mago Poderoso. Um Grupo De Magos Violentos Tem Atacado Qualquer Coisa Com Poder Mágico Para Seus Próprios Objetivos. Nanoha E Destino, Juntamente Com Seus Amigos Yuuno, Arf, Chrono E O Departamento De Administração Espaço/Time, Devem Mais Uma Vez Se Unir Para Impedir Que Esses Magos Renegados Machuquem Qualquer Pessoa Ou Qualquer Outra Coisa. Acontece Após A Primeira Temporada De Nanoha Lyrical.