Lupin, Goemon E Jigen Pegam Um Mini-Helicóptero E Seguem Para A Misteriosa “Ilha À Deriva”, Procurando Um Tesouro Que Estivesse Escondido Em Algum Lugar Nele. Através Da Exploração Da Ilha, O Trio Encontra A Letal "Nanomachina", O Sistema De Segurança Da Ilha. O Trio Desencadeia O Alarme, Surgindo "A Nanomachina" Para A Vida. A Chave Para Resolver O Mistério Da Ilha Está Na Pequena Nação De Zufu. Esta Nação Próspera Agora É Governada Pelo Rebelde Caçador De Cabeças General E De Coleta De Facas. Fujiko Faz Sua Investigação Habitual E Invade O Computador Do General Headhunter, Na Esperança De Encontrar Algumas Informações Cruciais. Zenigata Recebeu Uma Mensagem De Vídeo De Lupin, Na Qual Lupin Anuncia Seu Desejo Pelo Tesouro Inestimável. Oleandro, Um Oficial Loiro Ardente Com Alguns Segredos Escondidos, Entra Para Ajudar Zenigata. Armado Com Suas Informações Recém -Encontradas, Lupin, Goemon, Jigen E Fujiko Voltam A "Drifting Island", Mas Desta Vez Eles São Seguidos Pelo General Headhunter.