O Filme Começa Com Fuyuki Hinata E O Pelotão De Keroro Explorando Um Templo Abandonado Na Cidade De Machu Picchu, No Peru. Enquanto Estava Na Exploração, Keroro Acidentalmente Desencadeia Uma Armadilha E, Por Acaso, Encontra Uma Câmara Escondida Com Um Grande Cristal Azul No Centro, Em Um Suporte Que Tem Uma Chave Nela. Keroro Se Inclina Para A Chave, Fazendo Com Que A Sala Ative Uma Máquina Misteriosa, Isso Fez Com Que Todo O Templo Tremesse. Assim Que O Grupo Percebeu O Que Estava Acontecendo, Eles Saem Da Sala. Enquanto Corre, Keroro Perde Acidentalmente A Bola De Kero Enquanto Fuyuki Vislumbra Uma Jovem Brilhante Enquanto Ele Está Saindo, E Diz A Keroro Que Havia Uma Garota Na Sala, Mas Ele É Forçado A Sair Da Sala Antes Que Ele Possa Dizer Algo Mais. O Grupo Escapa Com Sucesso, Enquanto A Garota (Agora Brotando Um Par De Asas Brilhantes) Os Observa Sair - Enquanto De Volta Na Câmara, Algo Está Crescendo Dentro Do Cristal ...