Keroro É Um Alienígena Semelhante A Um Sapo Enviado De Seu Planeta Natal Em Uma Missão Para Conquistar A Terra. Mas Então Sua Capa É Soprada, Seu Batalhão O Abandona E Ele Acaba Na Casa Da Família Hinata, Onde Se Torna Amigo De Fuyuki E Gradualmente Começa A Esquecer Sua Missão, Aproveitando A Vida Na Terra. É Um Dia Como Qualquer Outro Quando Keroro Ignora O Treinamento Simulado De Batalha Em Favor Da Compra Do Mais Novo Modelo Gundam Com Fuyuki. No Caminho Para Casa, Eles Tropeçam Em Um Santuário Escondido, Onde Acabam Causando Danos A Um Orbe Brilhante Explorando -O. Naquela Noite, Keroro Encontra Um Grande X Em Seu Rosto, O Que O Causa Considerável Perturbado. Na Manhã Seguinte, Uma Notícia De Última Hora Mostra Que O X Se Espalhou Para Mais Do Que Apenas Keroro, Dando Ao Povo Das Habilidades Telepáticas De Tóquio, Incluindo A Família Hinata E O Pelotão De Keroro. Os Terráqueos Parecem Pensar Que Esse É Um Grande Presente, Mas A Marca Pode Realmente Fazer Parte De Uma Invasão De Pekopon Mais Antiga Que O Próprio Tempo.