Livre De Suas Responsabilidades Com A Organização 501, Motoko Kusanagi Deve Agora Aprender A Receber Ordens Da Aramaki. Alguém Invade As Lógicas E Batou Pede A Ajuda Do Ex -Oficial De Inteligência Do Exército Ishikawa E Do Ex -Especialista Em Artilharia Aérea Borma. Kusanagi Também Procura Contratar O Ace Sniper Saito E O Policial Disfarçado Paz Na Nova Seção 9 De Segurança Pública. Os Dois Grupos Se Rivalizam Em Um Caso Envolvendo Um Homem Que Recebe Memórias Falsas De Uma Operação De Transporte De Refugiados.