A História Do Anime Se Passa Em 2027, Um Ano Após O Final Da Quarta Guerra Não Nuclear. A New Port City Ainda Está Sofrendo Com As Consequências Da Guerra Quando Sofre Um Bombardeio Causado Por Uma Mina Autopropulsada. Então, Um Membro Militar Implicado Em Subornos De Armas É Morto A Tiros. Durante A Investigação, Daisuke Aramaki, Da Seção De Segurança Pública, Encontra Motoko Kusanagi, O Hacker De Nível De Assistência Cyborg Designado Para A 501ª Unidade Secreta Dos Militares. Batou, Um Homem Com O "Olho Que Não Dorme", Suspeita Que Kusanagi Seja Aquele Atrás Do Bombardeio. O Detetive Da Polícia Da Prefeitura De Niihama, Togusa, Está Perseguindo Seus Próprios Casos Duplos De Morte Por Tiro E Assassinato De Uma Prostituta. A Própria Motoko Está Sendo Observada Pelo 501º Chefe Da Unidade Secreta, Kurutsu E Cyborg, Agentes.