Yumi E Ryou São Crianças Que Foram Selecionadas Para Participar De Uma Missão Secreta, Para Serem Os Pilotos Das Primeiras Unidades De Combate Fafner; A Última Chance De Sobrevivência Para A Raça Humana. O Inimigo É Implacável, Sem Remorso E É Capaz De Ler As Mentes Dos Seres Humanos. Portanto, Os Detalhes Desta Missão São Mantidos Em Segredo Mesmo Pelo Pessoal Envolvido. Os Jovens Pilotos Devem Usar Toda A Sua Coragem E Fé Para Sobreviver E Concluir Sua Missão Ou O Destino Da Humanidade Seria Comprometido.