Como O Desaparecimento Do Homem Que Se Acredita Ser O Imperador Mais Perverso Da Britannia Há Um Ano, O Mundo Desfrutou De Uma Paz Sem Precedentes Sob A Orientação Da Federação Das Nações Unidas. No Entanto, Essa Calma Frágil É Quebrada Quando Militantes Armados Sequestram Com Sucesso A Ex -Princesa Nunnally Vi Britannia E Suzaku Kururugi, Conselheiro -Chefe Dos Cavaleiros Negros, Provocando Uma Crise Internacional. O Reino Poderoso E Não Confiável Do Zilkhstan É Acusado De Orquestrar Sua Captura. Para Investigar, As Autoridades Mundiais Enviam Kallen Stadtfeld E Seus Associados Em Uma Operação Secreta No País. Lá, Eles Encontram A Bruxa Imortal C.C., Que Está Em Uma Missão Para Completar A Ressurreição Do Homem Responsável Pela Maior Revolução Da História - Uma Lenda Que Se Levantará, Assumirá O Comando E Salvará O Mundo Do Perigo Mais Uma Vez.